人事：組織編制、職務歸系、考試、分發、任免、遷調、人事管理。 差勤管理、考核、獎懲、服務、訓練、進修業務。 福利、待遇、保險、退休撫卹、人事資訊管理及其他有關事項。
會計：預算及追加減預算之審核彙編、執行、督導、內部審核，辦理本機關代辦經費等支出法案之簽證、內部及原始憑證之審核、記帳憑證及付款憑單之編製、會計帳籍之登載、會計報告之編送、會計憑證之送審、會計檔案之整理、保管及其他有關之會計事務、單位預算、決算之編審。 本所工程、財物、勞務等監標、監驗事宜。 收支憑證送審計機關審查案件之簽核及審計機關審定案件申復。決算審查及財務上之稽察。
1.禽畜重要傳染性疾病監控及防治。
2.動物一般疾病防治及鑑定。
3.輔導畜牧場衛生保健及自衛防疫。
4.家畜牲籍管理。
5.乳牛及鹿隻結核病檢驗。
6流浪動物收容留置處理業務。
7.寵物登記、晶片植入及狂犬病防治。
8.獸醫師（佐）登記及管理。
9.動物用藥品及藥物殘留管理。
10.植物病蟲害鑑定及防治諮詢服務。
11. 植物病蟲害非農藥防治及生物防治技術之推廣與輔導。
12.輔導安全農業及農藥殘留檢測。